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菌肥通過篩選應用有益微生物為果樹的生長發育、提高質量、增進抗性奠定良好基礎。其主要作用有：

一、改變根量，由菌肥細菌產生的赤霉素、細胞分裂素等可使植物次生根增殖，增加有效根量。

二、軟化細胞壁，細菌產生的半聚糖醛酸轉化酶(PATA)可軟化根系細胞壁，從而促進營養吸收。

三、產生轉鐵產物，細菌產生的轉鐵產物可聚合或螯合土壤鐵，使之成為對果樹更有效的物質。

四、增加磷的有效性，細菌能分泌出增加石灰性土壤中磷有效性的酸性物和螯合物。

    五、阻止病害，細菌可改變根際環境，從而抑制根系病原體的競爭力。（中肥）