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甜瓜是一種重要的園藝經濟作物，其多樣性豐富。但長期的人工選育致使一些相關性狀基因丟失，栽培品種的遺傳多樣性顯著少于野生種，在一定程度上限制了對甜瓜抗性基因及優質性狀的發掘。

甜瓜“821”是來自印度的半野生種，對甜瓜新德里花葉病毒（ToLCNDV）等多種病害具有抗性。近日，中國農業科學院鄭州果樹研究所甜瓜遺傳育種與栽培團隊聯合國內有關科研院校對半野生型甜瓜“821”進行了高質量T2T基因組組裝，為揭示甜瓜抗性相關基因和品質改良提供了重要遺傳資源。相關研究成果發表在《園藝研究（Horticultural Research）》上。

該研究首先完成了其單倍型T2T基因組的組裝，通過基因組比較發現，在11號染色體存在基因拷貝數的變異，其中2個自噬基因與新德里病毒抗性顯著相關。

半野生型甜瓜821表型、Hi-C圖譜和基因組景觀圖

此外，通過全基因組關聯分析，發現1個與果實成熟相關的顯著信號，并鑒定出候選基因CmABA2，其編碼一個細胞質短鏈脫氫酶，參與脫落酸的生物合成。該研究提供了高質量的半野生甜瓜基因組，為甜瓜抗性基因的挖掘和品質改良提供了遺傳資源。

該研究得到中國農業科學院科技創新工程、國家現代農業產業技術體系、海南省重點研發計劃等項目支持。