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為了避免和減少牛、羊發生傳染病、提高養殖效益，最好的預防措施就是每年春秋兩季接種疫苗。疫苗接種可分為必須接種的和選擇性接種的，前者預防的是常發、多發且危害較大的傳染病，后者預防的是本地區發生較少或即使發生、危害性也較小的傳染病。而大型牛場、羊場應根據所在地疫情，制定科學的免疫計劃并按時接種，以確保牛羊健康。

牛接種疫苗

必須接種的：強制免疫的有口蹄疫疫苗和布氏桿菌菌苗，每年春、秋兩季地方畜牧部門會登門進行接種。除此之處，還應進行炭疽菌苗、多殺性巴氏桿菌滅活苗、沙門氏菌滅活苗、傳染性胸膜肺炎（牛肺疫）疫苗的接種。其中，炭疽菌苗可視當地發生本病情況而定，如果多年來當地沒有該病的發生，當年雨水不大，又不是放牧牛，可以考慮不接種。

選擇接種的：氣腫疽菌苗、副結核滅活菌苗、狂犬病弱毒疫苗、破傷風類毒素。后者在牛體有外傷的情況下應進行接種，其他疫苗應視當地傳染病發生和流行情況而定。

羊接種疫苗

必須接種的：強制免疫的有口蹄疫疫苗、小反芻獸疫疫苗、布氏桿菌菌苗。如果有在強制免疫執行時遺漏的羊，養殖戶也必須自己補免。此外還有山羊痘苗或綿羊痘苗，三聯四防菌苗（快疫、猝狙、黑疫、腸毒血癥）或相應的三聯苗、五聯苗，還有羊口瘡弱毒疫苗和傳染性胸膜肺炎疫苗，都應及時接種。

選擇接種的：母羊應接種羊衣原體滅活疫苗，個別地區還應考慮接種羊鏈球菌菌苗、羊大腸桿菌菌苗。有炭疽發生過的地區應考慮接種2號炭疽芽孢菌苗，妊娠母羊臨產前應接種破傷風類毒素。